Prof. Dr. Özer, akademik bir organ olan ve 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun 11.maddesi uyarınca kurulmuş olan Üniversitelerarası Kurul’un başkanı oldu.
Bülent Ecevit Üniversitesi (BEÜ) Rektörü Prof. Dr. Mahmut Özer; üniversite rektörleri, Genelkurmay Başkanlığının Silahlı Kuvvetlerden dört yıl için seçeceği bir profesör ile her üniversite senatosunun o üniversiteden dört yıl için seçeceği bir profesörden oluşan Üniversitelerarası Kurul (ÜAK)’un başkanı oldu.
Özer’in, başkanlık görevi 1 Ağustos 2015 tarihinden itibaren başladığı belirtildi. Rektör Prof. Dr. Mahmut Özer, görevleri arasında yükseköğretim planlaması çerçevesinde, üniversitelerin eğitim-öğretim, bilimsel araştırma ve yayım faaliyetlerini koordine etme, uygulamaları değerlendirme, Yükseköğretim Kuruluna ve üniversitelere önerilerde bulunma; doktora ile ilgili esasları tespit etme ve yurt dışında yapılan doktoraları, doçentlik ve profesörlük unvanlarını değerlendirme; doçentlik sınavlarını düzenlemek ve ilgili yönetmelik gereğince doçent adaylarının yayın ve araştırmalarının değerlendirilmesi ve doçentlik sınavı ile ilgili esasları tespit etmek ve jürileri seçmek bulunan ÜAK’a bir yıl boyunca başkanlık edecek.
Özer, halen İslam Dünyası Kalite Güvence Ajansları Birliği (AQAAIW) Başkan Vekili ve Mesleki Yeterlilik Kurumu (MYK) Yönetim Kurul Üyesi görevlerini de yürütüyor.