KHK ile 2547 sayılı Kanun'un 13'üncü maddesinin a fıkrasının birinci paragrafında düzenlenen rektör atamasına ilişkin yeni düzenleme yapıldı.
Buna göre, devlet üniversitelerinde rektör, YÖK tarafından önerilecek, profesör olarak en az 3 yıl görev yapmış 3 aday arasından Cumhurbaşkanınca atanacak.

Bir aylık sürede önerilenlerden birisinin atanmaması ve YÖK tarafından, iki hafta içinde yeni adaylar gösterilmemesi halinde Cumhurbaşkanınca doğrudan atama yapılacak.

Rektörün görev süresi 4 yıl olacak. Süresi sona erenler aynı yöntemle yeniden atanabilecekler. Ancak aynı devlet üniversitesinde iki dönemden fazla rektörlük yapılamayacak. Rektör, üniversite veya yüksek teknoloji enstitüsü tüzel kişiliğini temsil edecek.

Vakıflarca kurulan üniversitelerde rektör, mütevelli heyetinin YÖK'e teklifi ve YÖK'ün olumlu görüşü üzerine Cumhurbaşkanı tarafından atanacak.